Towards Zero-Overhead Disambiguation of Deep Priority Conflicts

**Context** Context-free grammars are widely used for language prototyping and implementation. They allow formalizing the syntax of domain-specific or general-purpose programming languages concisely and declaratively. However, the natural and concise way of writing a context-free grammar is often ambiguous. Therefore, grammar formalisms support extensions in the form of *declarative disambiguation rules* to specify operator precedence and associativity, solving ambiguities that are caused by the subset of the grammar that corresponds to expressions. **Inquiry** Implementing support for declarative disambiguation within a parser typically comes with one or more of the following limitations in practice: a lack of parsing performance, or a lack of modularity (i.e., disallowing the composition of grammar fragments of potentially different languages). The latter subject is generally addressed by scannerless generalized parsers. We aim to equip scannerless generalized parsers with novel disambiguation methods that are inherently performant, without compromising the concerns of modularity and language composition. **Approach** In this paper, we present a novel low-overhead implementation technique for disambiguating deep associativity and priority conflicts in scannerless generalized parsers with lightweight data-dependency. **Knowledge** Ambiguities with respect to operator precedence and associativity arise from combining the various operators of a language. While *shallow conflicts* can be resolved efficiently by one-level tree patterns, *deep conflicts* require more elaborate techniques, because they can occur arbitrarily nested in a tree. Current state-of-the-art approaches to solving deep priority conflicts come with a severe performance overhead. **Grounding** We evaluated our new approach against state-of-the-art declarative disambiguation mechanisms. By parsing a corpus of popular open-source repositories written in Java and OCaml, we found that our approach yields speedups of up to 1.73x over a grammar rewriting technique when parsing programs with deep priority conflicts--with a modest overhead of 1-2 % when parsing programs without deep conflicts. **Importance** A recent empirical study shows that deep priority conflicts are indeed wide-spread in real-world programs. The study shows that in a corpus of popular OCaml projects on Github, up to 17 % of the source files contain deep priority conflicts. However, there is no solution in the literature that addresses efficient disambiguation of deep priority conflicts, with support for modular and composable syntax definitions

Correlação entre mediadores inflamatórios e marcadores bioquímicos em pacientes com tuberculose pulmonar ativa

Objective: Correlate inflammatory mediators and biochemical parameters in patients with active pulmonary tuberculosis (TB) treated at a public hospital in São Luís, MA. Methods: This is a case-control study of patients with a positivediagnosis of active pulmonary TB. Serum samples from patients and the control group were collected for the clinical trials, and epidemiological data were collected through medical records and interviews. The control group consisted of healthy volunteers with no previous contact with TB cases, matched by age and sex to the clinical group. To measureinflammatory cytokines, we used the Human IL-6 ELISA Set and Human IFN-γ ELISA Set kits. Oxidative stress was measured by quantification of thiobarbituric acid reactive substances (TBARS) and nitric oxide (NO). In biochemistry, the levels of uric acid, anti-streptolysin “O” (AEO), alanine aminotransferase (ALT), amylase, aspartate aminotransferase (AST), calcium, total cholesterol, gamma-glutamyl transferase (Gamma GT), glucose, alkaline phosphatase, high-density lipoprotein (HDL), C-reactive protein (CRP) and triglycerides were measured. Results: The clinical group consisted of 53 patients. There was a substantial decrease in IFN-γ (p<0.0001) and a significant increase in IL-6 (p<0.0001). TBARS production increased significantly (p= 0.0414). There was no significant difference in NO production (p= 0.3194). In biochemistry, there was a significant increase in ALT (p= 0.0072), AST (p= 0.0016), Gamma GT (p= 0.0011), alkaline phosphatase (p<0.0001), CRP (p<0. .0001) and triglycerides (p= 0.0343), and a significant decrease in calcium (p<0.0001). A significant positive correlation was found between IL-6 and IFN-γ (p= 0.0448), as well as AST and ALT (p<0.0001); CRP and gamma GT (p<0.0001); Gamma GT and ALT (p= 0.0016); Gamma GT and AST (p=0.0004); triglycerides and cholesterol (p= 0.0002); alkaline phosphatase and gamma GT (p<0.0001); CRP and alkaline phosphatase (p<0.0001); triglycerides and calcium (p= 0.0121); cholesterol and calcium (p= 0.0261); glucose and cholesterol (p= 0.0373); and triglycerides and glucose (p= 0.0127) in biochemistry, with a significant negative correlation between glucose and uric acid (p= 0.0092); and CRP and HDL (p=0.0037). The correlation between inflammatory mediators and biochemical markers was positive between IL-6 and gamma GT (p= 0.0011); IL-6 and CRP (p<0.0001); IL-6 and alkaline phosphatase (p=0.0076); and NO and triglycerides (p= 0.0016), and significant negative correlation between IFN-γ and cholesterol (p= 0.0171) and TBARS and cholesterol (p= 0.0138). Conclusion: Immunosuppression of IFN-γ activity was observed. A correlation was found between IL-6 and inflammatory biochemical markers, indicating damage and injury caused by M. tuberculosis.Objetivo: Correlacionar mediadores inflamatórios e parâmetros bioquímicos em pacientes com tuberculose (TB) pulmonar ativa atendidos em um hospital público, em São Luís, MA. Métodos: Trata-se um caso-controle de pacientes com diagnóstico positivo para TB pulmonar ativa. Amostras de soro dos pacientes e grupo controle foram coletadas para os experimentos clínicos e os dados epidemiológicos foram coletados por meio de prontuários e entrevistas. O grupo controle foi formado por voluntários saudáveis sem contato prévio com casos de TB, pareados com idade e sexo ao grupo clínico. Para dosar citocinas inflamatórias, utilizaram-se os kits Human IL-6 ELISA Set e Human IFN-γ ELISA Set. Mediu-se o estresse oxidativo pela quantificação das espécies reativas do ácido tiobarbitúrico (TBARS) e óxido nítrico (ON). Na bioquímica, mediram-se os níveis de ácido úrico, anti-estreptolisina-O (AEO),alanina aminotransferase (ALT), amilase, aspartato aminotransferase (AST), cálcio, colesterol total, gama glutamil transferase (Gama GT), glicose, fosfatase alcalina, lipoproteína de alta densidade (HDL), proteína C reativa (PCR) e triglicerídeos. A análise estatística foi realizada pelo software GraphPad Prism 8, com p<0,05 significativo. Resultados:O grupo clínico foi formado por 53 pacientes. Houve uma diminuição significativa de IFN-γ (p<0,0001),e aumento significativo de IL-6 (p<0,0001). A produção de TBARS aumentou significativamente (p= 0,0414). Não houve diferença significativa na produção de ON (p= 0,3194). Na bioquímica, houve aumento significativo em ALT (p= 0,0072), AST (p= 0,0016), gama GT (p= 0,0011), fosfatase alcalina (p<0,0001), PCR (p<0,0001) e triglicerídeos (p= 0,0343), e diminuição significativa de cálcio (p<0,0001). Encontrou-se correlação positiva significativa entre IL-6 e IFN-γ (p= 0,0448), assim como AST e ALT (p<0,0001); PCR e gama GT (p<0,0001); gama GT e ALT (p= 0,0016); gama GT e AST (p= 0,0004); triglicerídeos e colesterol (p= 0,0002); fosfatase alcalina e gama GT (p<0,0001); PCR e fosfatase alcalina (p<0,0001); triglicerídeos e cálcio (p= 0,0121); colesterol e cálcio (p= 0,0261); glicose e colesterol (p= 0,0373); e triglicerídeos e glicose (p= 0,0127) na bioquímica, sendo negativa significativa entre glicose e ácido úrico (p= 0,0092); e PCR e HDL (p= 0,0037). A correlação entre marcadores inflamatório e bioquímicos foi positiva entre IL-6 e gama GT (p= 0,0011); IL-6 e PCR (p<0,0001); IL-6 e fosfatase alcalina (p= 0,0076); e ON e triglicerídeos (p= 0,0016), e negativa significativa entre IFN-γ e colesterol (p= 0,0171) e TBARS e colesterol (p= 0,0138). Conclusões: Observou-se imunossupressão da atividade de IFN-γ. Encontrou-se correlação entre IL-6 e marcadores bioquímicos inflamatórios, indicando dano e lesão causados por M. tuberculosis

Práticas artísticas no ensino básico e secundário

As técnicas de expressão são processos de expansão. A humanidade alargou o seu perímetro de retenção de ideias, de impressão ritual, de invocação memorial, através dos primeiros materiais plásticos, incisões, manchas, escarificações, desenhos. Assim o homem cresceu, dentro da sua mente, e a sua mente cresceu fora do homem: a linguagem sobrevive-nos, permite a transmissão de aquisições, veicula a cultura de geração em geração, está na base da civilização. A expansão humana consolida-se pelas técnicas de reprodução, mas com um preço: o da emancipação das coisas em relação aos homens. A linguagem pensa-nos. Os artefactos que produzimos exercem sobre nós estranhos poderes, as mercadorias são valorizadas tanto ou mais que as pessoas, o humano é desvalorizado na razão inversa. As pessoas querem parecer-se com imagens, mapas de bits que encantam. As tecnologias, essas expansões, sabem para onde se dirigem, sem olhar aos humanos: o vivo é dispensado, em benefício de um algoritmo de computação, de um bot, de um ser sem corpo e por isso sem necessidades. Um ser que ganha sempre. A interrogação sobre os conteúdos é hoje a interrogação sobre um real digitalizado, transformado em código. Este é um dos espaços que merece uma atenção particular na Educação Artística: pode-se pensar do outro lado do código?info:eu-repo/semantics/publishedVersio

A list of land plants of Parque Nacional do Caparaó, Brazil, highlights the presence of sampling gaps within this protected area

Brazilian protected areas are essential for plant conservation in the Atlantic Forest domain, one of the 36 global biodiversity hotspots. A major challenge for improving conservation actions is to know the plant richness, protected by these areas. Online databases offer an accessible way to build plant species lists and to provide relevant information about biodiversity. A list of land plants of “Parque Nacional do Caparaó” (PNC) was previously built using online databases and published on the website "Catálogo de Plantas das Unidades de Conservação do Brasil." Here, we provide and discuss additional information about plant species richness, endemism and conservation in the PNC that could not be included in the List. We documented 1,791 species of land plants as occurring in PNC, of which 63 are cited as threatened (CR, EN or VU) by the Brazilian National Red List, seven as data deficient (DD) and five as priorities for conservation. Fifity-one species were possible new ocurrences for ES and MG states

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear un derstanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5–7 vast areas of the tropics remain understudied.8–11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world’s most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepre sented in biodiversity databases.13–15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may elim inate pieces of the Amazon’s biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological com munities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple or ganism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region’s vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most ne glected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lostinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

I Congresso Ibero-Americano de Bibliotecas Escolares

Actas de la primera edición del I Congreso Iberoamericano de Bibliotecas Escolares, CIBES 2015, organizado por la Universidad Carlos III de Madrid (España), la Universidad Estatal Paulista (Brasil) y el Ayuntamiento de Getafe (España). Celebrado: 21 - 23 de octubre de 2015 en la Universidad Estatal Paulista (Marília) y 26 - 28 de octubre de 2015 en la Universidad Carlos III de Madrid (Getafe)Universidad Carlos III de Madrid (España)Universidad Estatal Paulista (Brasil)Ayuntamiento de Getafe (España)Dimensiones y visiones de la biblioteca escolar en una Educación por competencias: la necesidad de una política estratégica / Miguel Ángel Marzal. -- Getafe ciudad educadora, lectora y escritora: Bibliotecas escolares / Lourdes Muñoz Santiuste. -- Presente y futuro: biblioteca escolar-CREA y proyectos interdisciplinares / Rosa Piquín. -- Cultura en información: un reto esencial de la biblioteca escolar / Mónica Baró. -- Bibliotecas escolares de Galicia: un mundo de oportunidades a favor de la Educación / Cristina Novoa. -- 10 años de la Red de Bibliotecas Escolares de Extremadura (REBEX) / Casildo Macías Pereira. -- Biblioteca Escolar y uso ético de la información para una Cultura de Paz / Ana Barrero Tíscar. -- Dinamización de la Biblioteca Escolar Plumita durante el curso escolar 2014/15 / María Antonia Cano Cañada. -- Experiencia de la creación de una biblioteca escolar / Susana Santos Martín. -- Grupo cooperativo Bibliotecas escolares en Red-Albacete / José Manuel Garrido Argandoña y Eva Leal Scasso. -- La BCREA "Juan Leiva". El fomento de la lectura desde la web social / Andrés Pulido Villar. -- Proceso de implantación de una herramienta de autoevaluación en la red de bibliotecas escolares de Extremadura (REBEX) / Casildo Macías Pereira. -- La biblioteca escolar: abriendo fronteras / Lorena Verónica Cabrera Orellana. -- O programa RBE e a avaliaçao das bibliotecas escolares: melhoria, desenvolvimiento e innovaçao / Elsa Conde. -- Profesional de Biblioteconomía y Documentación: esencial en la plantilla de la escuela / Pilar del Campo Puerta. -- Una mirada activa al proceso educativo desde la biblioteca escolar / María Jesús Fontela Fernández . -- Con otra mirada "La ilustración como vehículo de comunicación y aprendizaje en las bibliotecas escolares" / Pablo Jurado Sánchez-Galán. -- Fingertips. Recriar a biblioteca escolar na sala de aula / Rui Alfonso Mateus. -- Hablemos de libros. Cómo transformar una clase de literatura en una comunidad de interpretación de textos / Francisco César Díaz Rey. -- Inclusión social de familias inmigrantes a través de un programa de aprendizaje de la lengua castellana / Ana Carmen Tolino Fernández-Henarejos. -- O desenvolvimento de atividades de mediação de leitura em biblioteca escolar: o caso da biblioteca da Escola Sesc de Ensino Médio / Vagner Amaro. -- La biblioteca escolar. Proceso de enseñanza-aprendizaje de padres a hijos / Ana Carmen Tolino Fernández- Henarejos. -- Leo con y para los demás / Ismael Fernández Fernández, Ana María Moreno Vicente y Ana Beatriz Vicente Pérez. -- Nanas y arrullo. Poesía a la deriva / Bernardo Fuentes Navarrete y Carlos García-Romeral Pérez. -- Gestión y evaluación de servicios bibliotecarios para personas con dislexia: una biblioteca escolar inclusiva desde una perspectiva internacional / Carmen Jorge García-Reyes. -- Sueños lectores compartidos hechos realidad: la biblioteca escolar del C.E.I.P-S.E.S-A.A “LA PAZ” de Albacete / Ana Rosa Cabañero Tobarra, Juan Manuel Herráez, Eva Leal Scasso, María Marín Sánchez, Ana Belén Medrano Martínez y María José Nortes Ruipérez. -- El programa biblioteca escuela en Civican. La literatura como elemento motivador para la alfabetización informacional / Villar Arellano Yanguas. -- La competencia digital en el diseño curricular: desde la biblioteca al aula / Felicidad Campal García. -- O deselvomimento da pesquisa escolar por meio da competência em informaçao / Luciane de Fátima Cavalcante Beckman y Marta Leandro da Mata. -- Proyecto escolar de investigación documental "Te pillé leyendo" / José Manuel Garrido Argandoña. -- Aprender com a Biblioteca Escolar: formar para as literacias / Paula Correia y Isabel Mendinhos. -- Sucedió en el siglo XX / María Antonia Becerra Montalbán, Ángel Bernabé Muñoz y Sofía Vaz Romero. -- El Club de lectura en la nube / Belén Benito Blázquez y Ana Ordás García. -- Promover a leitura e a escrita na era digital: prácticas nas bibliotecas escolares / María Raquel Ramos. -- A biblioteca escolar e o desafío da interculturalidade: o projeto Ser + cidadao / María da Conceição Tomé. -- Cuando la competencia digital encontró a la alfabetización informacional o Mucho ruido y pocas nueces / Felicidad Campal García. -- Hora de ler, un programa para el fomento de la lectura en contexto educativo / Cristina Novoa. -- Hábitos de lectura para las competencias en información y alfabetización en información en bibliotecas escolares de Puerto Rico / Karen Denise Centeno Casillas. -- Repositorios digitales en las bibliotecas escolares andaluzas: situación, modelos y herramientas para su creación / Dolores Olmos Olmos y Andrés Pulido Villar. -- Trabajando las competencias clave con las aventuras de Mozarito en Extremadura / María Teresa Carballosa González y María Esther Nieto Vidal. -- Análisis de modelos de evaluación de la web de la biblioteca escolar / Raúl Cremades García. -- Emociónate con las historias: El bosque de las emociones e historias con mucho teatro / Esther Luis Pérez y Ana María Peromingo Fernández. -- Biblioteca escolar de innovación y continuación / E. María Guerrero Palacios y Silvia Mora Ramírez. -- Uso de estándares y licencias para la creación y difusión de contenidos en las bibliotecas escolares / José Luis Barreiro Cebey. -- La biblioteca escolar digital móvil / Javier Fernández Delgado. -- Uso de aplicaciones móviles para el desarrollo de la competencia lingüística. Proyecto Hansel App Gretel / Dolores Olmos Olmos. -- A memória e a mediação segundo Vigotski / Leda Maria Araújo, Patricia Celia Santana, Sueli Bortolin y Leticia Gorri Molina. -- Bibliotecas escolares como tema de estudo dos alunos de graduação em blioteconomia do Instituto de Ensino Superior da FUNLEC: estado da arte / Tiago Pereira Nocera y Rodrigo Pereira. -- Ações de mediação da leitura e da informação em bibliotecas escolares: um olhar sobre as bibliotecas dos Colégios de Aplicação / Tatyanne Christina Gonçalves Ferreira Valdez y Alberto Calil Júnior. -- Mediação pedagógica numa biblioteca de escola pública em Londrina / Rovilson José da Silva, Teba Silva Yllana y Sueli Bortolin. -- Utilização de categorias por cores em sistema de biblioteca voltado ao público infanto-juvenil / Liliana Giusti Serra. -- Atividades de ensino dos atos de leitura com crianças em risco social / Adriana Naomi Fukushima da Silva y Dagoberto Buim Arena. -- Biblioteca escolar: espaço de significados entre alunos, professores e bibliotecários / Rodrigo Barbosa Paulo, Marisa Xavier, Helen Castro Casarin y Creuza Barbaroto. -- A Biblioteca Escolar no Contexto da Legislação e do Processo Educativo / Eliane Lourdes da Silva Moro, Francisca Rosaline Leite Mota y Raimundo Martins de Lima. -- O jornal impresso como fonte de informação: a importância da formação de leitores críticos / Mariana Pícaro Cerigatto. -- Bibliotecas escolares no estado do Rio Grande do Sul: a trajetória de realização dos fóruns gaúchos pela melhoria das bibliotecas escolares / Eliane Lourdes da Silva Moro y Lizandra Brasil Estabel. -- O acesso à informação dos usuários surdos na biblioteca escolar / André Luís Onório Coneglian y Mayara Melo Santana. -- Aprendizagem coletiva de bibliotecários e a competência de pesquisa dos docentes: o caso do Instituto Federal do Espírito Santo / Maristela Almeida Mercandeli Rodrigues y Beatriz Quiroz Villardi. -- Biblioteca escolar: atores, parâmetros e competências / Mavi Galante Mancera Dall´Acqua Carvalho y Claudio Marcondes de Castro Filho. -- Estratégias de aprendizagem de escrita no Ensino Fundamental II / Érika Christina Kohle. -- Bebês e livros: leitura nas bebetecas. Kenia Adriana de Aquino Modesto Silva, Juliane Francischeti Martins Motoyama y Renata Junqueira de Souza. -- Práticas alternativas para organização de acervos nos espaços de leitura em ambientes escolares / Luciana Souza Gracioso, Ariovaldo Alves, Débora Nascimento, Suelen Redondo, Tainara Torika Kiri de Castro, Elizabete Angelon y Eduardo Barbosa. -- Reflexões sobre a modelagem e criação de uma Rede Virtual de Leitores para Bibliotecas Escolares / Carla Floriana Martins y Raoni Guerra Rajão. -- Biblioteca escolar: espaço de formação leitora? / Silvana Ferreira de Souza Balsan y Renata Junqueira de Souza. -- “Se a Biblioteca Escolar é minha mãe, o Google é meu pai”: representações da relação entre Biblioteca Escolar e Google no imaginário de alunos do ensino técnico / Adriana Bogliolo Sirihal-Duarte, Maria L. Amorim Antunes y Raquel Miranda Vilela Paiva. -- Desafios e propostas para a universalização das bibliotecas escolares no Brasil e na Espanha / Rodrigo Pereira, Daniela Spudeit y Fernanda de Sales. -- Bibliotecário educador: possibilidades de atuação no contexto da biblioteca escolar / André Carlos da Silva, Valéria Martin Valls y Mariana de Paula Silva. -- Uma ONG para Bibliotecas Escolares : estratégia para ampliar a igualdade e capacidade de acesso e uso da informação e educação escolar de qualidade / Suelen Camilo Ferreira y Luciana de Souza Gracioso. -- O aluno com deficência: o papel do bibliotecário na disponibilidade de recursos acessíveis na biblioteca escolar / Adriano de Sales Coelho, Rosilene de Melo Oliveira y Marcos Pastana Santos. -- Biblioteca digital virtual e o uso do tablete: uma possibilidade de construção de novas práticas de leitura na escola / Barbara Cibelli da Silva Monteagudo y Dagoberto Buim Arena. -- A importância da biblioteca na educação de crianças de 0 a 3 anos / Yngrid Karolline Mendonça Costa y Cyntia Graziella Guizelim Simões Girotto. -- Comportamento Informacional de adolescentes: a relação com bibliotecas e escolas / Nelson Sebastian Silva-Jerez y Helen de Castro S. Casarin

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear understanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5,6,7 vast areas of the tropics remain understudied.8,9,10,11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world's most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepresented in biodiversity databases.13,14,15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may eliminate pieces of the Amazon's biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological communities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple organism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region's vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most neglected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lost

Taking the pulse of Earth's tropical forests using networks of highly distributed plots

Tropical forests are the most diverse and productive ecosystems on Earth. While better understanding of these forests is critical for our collective future, until quite recently efforts to measure and monitor them have been largely disconnected. Networking is essential to discover the answers to questions that transcend borders and the horizons of funding agencies. Here we show how a global community is responding to the challenges of tropical ecosystem research with diverse teams measuring forests tree-by-tree in thousands of long-term plots. We review the major scientific discoveries of this work and show how this process is changing tropical forest science. Our core approach involves linking long-term grassroots initiatives with standardized protocols and data management to generate robust scaled-up results. By connecting tropical researchers and elevating their status, our Social Research Network model recognises the key role of the data originator in scientific discovery. Conceived in 1999 with RAINFOR (South America), our permanent plot networks have been adapted to Africa (AfriTRON) and Southeast Asia (T-FORCES) and widely emulated worldwide. Now these multiple initiatives are integrated via ForestPlots.net cyber-infrastructure, linking colleagues from 54 countries across 24 plot networks. Collectively these are transforming understanding of tropical forests and their biospheric role. Together we have discovered how, where and why forest carbon and biodiversity are responding to climate change, and how they feedback on it. This long-term pan-tropical collaboration has revealed a large long-term carbon sink and its trends, as well as making clear which drivers are most important, which forest processes are affected, where they are changing, what the lags are, and the likely future responses of tropical forests as the climate continues to change. By leveraging a remarkably old technology, plot networks are sparking a very modern revolution in tropical forest science. In the future, humanity can benefit greatly by nurturing the grassroots communities now collectively capable of generating unique, long-term understanding of Earth's most precious forests. Resumen Los bosques tropicales son los ecosistemas más diversos y productivos del mundo y entender su funcionamiento es crítico para nuestro futuro colectivo. Sin embargo, hasta hace muy poco, los esfuerzos para medirlos y monitorearlos han estado muy desconectados. El trabajo en redes es esencial para descubrir las respuestas a preguntas que trascienden las fronteras y los plazos de las agencias de financiamiento. Aquí mostramos cómo una comunidad global está respondiendo a los desafíos de la investigación en ecosistemas tropicales a través de diversos equipos realizando mediciones árbol por árbol en miles de parcelas permanentes de largo plazo. Revisamos los descubrimientos más importantes de este trabajo y discutimos cómo este proceso está cambiando la ciencia relacionada a los bosques tropicales. El enfoque central de nuestro esfuerzo implica la conexión de iniciativas locales de largo plazo con protocolos estandarizados y manejo de datos para producir resultados que se puedan trasladar a múltiples escalas. Conectando investigadores tropicales, elevando su posición y estatus, nuestro modelo de Red Social de Investigación reconoce el rol fundamental que tienen, para el descubrimiento científico, quienes generan o producen los datos. Concebida en 1999 con RAINFOR (Suramérica), nuestras redes de parcelas permanentes han sido adaptadas en África (AfriTRON) y el sureste asiático (T-FORCES) y ampliamente replicadas en el mundo. Actualmente todas estas iniciativas están integradas a través de la ciber-infraestructura de ForestPlots.net, conectando colegas de 54 países en 24 redes diferentes de parcelas. Colectivamente, estas redes están transformando nuestro conocimiento sobre los bosques tropicales y el rol de éstos en la biósfera. Juntos hemos descubierto cómo, dónde y porqué el carbono y la biodiversidad de los bosques tropicales está respondiendo al cambio climático y cómo se retroalimentan. Esta colaboración pan-tropical de largo plazo ha expuesto un gran sumidero de carbono y sus tendencias, mostrando claramente cuáles son los factores más importantes, qué procesos se ven afectados, dónde ocurren los cambios, los tiempos de reacción y las probables respuestas futuras mientras el clima continúa cambiando. Apalancando lo que realmente es una tecnología antigua, las redes de parcelas están generando una verdadera y moderna revolución en la ciencia tropical. En el futuro, la humanidad puede beneficiarse enormemente si se nutren y cultivan comunidades de investigadores de base, actualmente con la capacidad de generar información única y de largo plazo para entender los que probablemente son los bosques más preciados de la tierra. Resumo Florestas tropicais são os ecossistemas mais diversos e produtivos da Terra. Embora uma boa compreensão destas florestas seja crucial para o nosso futuro coletivo, até muito recentemente os esforços de medições e monitoramento foram amplamente desconexos. É essencial formarmos redes para obtermos respostas que transcendem fronteiras e horizontes de agências financiadoras. Neste estudo nós mostramos como uma comunidade global está respondendo aos desafios da pesquisa de ecossistemas tropicais, com equipes diversas medindo florestas, árvore por árvore, em milhares de parcelas monitoradas à longo prazo. Nós revisamos as maiores descobertas científicas deste trabalho, e mostramos também como este processo está mudando a ciência de florestas tropicais. Nossa abordagem principal envolve unir iniciativas de base a protocolos padronizados e gerenciamento de dados a fim de gerar resultados robustos em escalas ampliadas. Ao conectar pesquisadores tropicais e elevar seus status, nosso modelo de Rede de Pesquisa Social reconhece o papel-chave do produtor dos dados na descoberta científica. Concebida em 1999 com o RAINFOR (América do Sul), nossa rede de parcelas permanentes foi adaptada para África (AfriTRON) e Sudeste asiático (T-FORCES), e tem sido extensamente reproduzida em todo o mundo. Agora estas múltiplas iniciativas estão integradas através de uma infraestrutura cibernética do ForestPlots.net, conectando colegas de 54 países de 24 redes de parcelas. Estas iniciativas estão transformando coletivamente o entendimento das florestas tropicais e seus papéis na biosfera. Juntos nós descobrimos como, onde e por que o carbono e a biodiversidade da floresta estão respondendo às mudanças climáticas, e seus efeitos de retroalimentação. Esta duradoura colaboração pantropical revelou um grande sumidouro de carbono persistente e suas tendências, assim como tem evidenciado quais direcionadores são mais importantes, quais processos florestais são mais afetados, onde eles estão mudando, seus atrasos no tempo de resposta, e as prováveis respostas das florestas tropicais conforme o clima continua a mudar. Dessa forma, aproveitando uma notável tecnologia antiga, redes de parcelas acendem faíscas de uma moderna revolução na ciência das florestas tropicais. No futuro a humanidade pode se beneficiar incentivando estas comunidades basais que agora são coletivamente capazes de gerar conhecimentos únicos e duradouros sobre as florestas mais preciosas da Terra. Résume Les forêts tropicales sont les écosystèmes les plus diversifiés et les plus productifs de la planète. Si une meilleure compréhension de ces forêts est essentielle pour notre avenir collectif, jusqu'à tout récemment, les efforts déployés pour les mesurer et les surveiller ont été largement déconnectés. La mise en réseau est essentielle pour découvrir les réponses à des questions qui dépassent les frontières et les horizons des organismes de financement. Nous montrons ici comment une communauté mondiale relève les défis de la recherche sur les écosystèmes tropicaux avec diverses équipes qui mesurent les forêts arbre après arbre dans de milliers de parcelles permanentes. Nous passons en revue les principales découvertes scientifiques de ces travaux et montrons comment ce processus modifie la science des forêts tropicales. Notre approche principale consiste à relier les initiatives de base à long terme à des protocoles standardisés et une gestion de données afin de générer des résultats solides à grande échelle. En reliant les chercheurs tropicaux et en élevant leur statut, notre modèle de réseau de recherche sociale reconnaît le rôle clé de l'auteur des données dans la découverte scientifique. Conçus en 1999 avec RAINFOR (Amérique du Sud), nos réseaux de parcelles permanentes ont été adaptés à l'Afrique (AfriTRON) et à l'Asie du Sud-Est (T-FORCES) et largement imités dans le monde entier. Ces multiples initiatives sont désormais intégrées via l'infrastructure ForestPlots.net, qui relie des collègues de 54 pays à travers 24 réseaux de parcelles. Ensemble, elles transforment la compréhension des forêts tropicales et de leur rôle biosphérique. Ensemble, nous avons découvert comment, où et pourquoi le carbone forestier et la biodiversité réagissent au changement climatique, et comment ils y réagissent. Cette collaboration pan-tropicale à long terme a révélé un important puits de carbone à long terme et ses tendances, tout en mettant en évidence les facteurs les plus importants, les processus forestiers qui sont affectés, les endroits où ils changent, les décalages et les réactions futures probables des forêts tropicales à mesure que le climat continue de changer. En tirant parti d'une technologie remarquablement ancienne, les réseaux de parcelles déclenchent une révolution très moderne dans la science des forêts tropicales. À l'avenir, l'humanité pourra grandement bénéficier du soutien des communautés de base qui sont maintenant collectivement capables de générer une compréhension unique et à long terme des forêts les plus précieuses de la Terre. Abstrak Hutan tropika adalah di antara ekosistem yang paling produktif dan mempunyai kepelbagaian biodiversiti yang tinggi di seluruh dunia. Walaupun pemahaman mengenai hutan tropika amat penting untuk masa depan kita, usaha-usaha untuk mengkaji dan mengawas hutah-hutan tersebut baru sekarang menjadi lebih diperhubungkan. Perangkaian adalah sangat penting untuk mencari jawapan kepada soalan-soalan yang menjangkaui sempadan dan batasan agensi pendanaan. Di sini kami menunjukkan bagaimana sebuah komuniti global bertindak balas terhadap cabaran penyelidikan ekosistem tropika melalui penglibatan pelbagai kumpulan yang mengukur hutan secara pokok demi pokok dalam beribu-ribu plot jangka panjang. Kami meninjau semula penemuan saintifik utama daripada kerja ini dan menunjukkan bagaimana proses ini sedang mengubah bidang sains hutan tropika. Teras pendekatan kami memberi tumpuan terhadap penghubungan inisiatif akar umbi jangka panjang dengan protokol standar serta pengurusan data untuk mendapatkan hasil skala besar yang kukuh. Dengan menghubungkan penyelidik-penyelidik tropika dan meningkatkan status mereka, model Rangkaian Penyelidikan Sosial kami mengiktiraf kepentingan peranan pengasas data dalam penemuan saintifik. Bermula dengan pengasasan RAINFOR (Amerika Selatan) pada tahun 1999, rangkaian-rangkaian plot kekal kami kemudian disesuaikan untuk Afrika (AfriTRON) dan Asia Tenggara (T-FORCES) dan selanjutnya telah banyak dicontohi di seluruh dunia. Kini, inisiatif-inisiatif tersebut disepadukan melalui infrastruktur siber ForestPlots.net yang menghubungkan rakan sekerja dari 54 negara di 24 buah rangkaian plot. Secara kolektif, rangkaian ini sedang mengubah pemahaman tentang hutan tropika dan peranannya dalam biosfera. Kami telah bekerjasama untuk menemukan bagaimana, di mana dan mengapa karbon serta biodiversiti hutan bertindak balas terhadap perubahan iklim dan juga bagaimana mereka saling bermaklum balas. Kolaborasi pan-tropika jangka panjang ini telah mendedahkan sebuah sinki karbon jangka panjang serta arah alirannya dan juga menjelaskan pemandu-pemandu perubahan yang terpenting, di mana dan bagaimana proses hutan terjejas, masa susul yang ada dan kemungkinan tindakbalas hutan tropika pada perubahan iklim secara berterusan di masa depan. Dengan memanfaatkan pendekatan lama, rangkaian plot sedang menyalakan revolusi yang amat moden dalam sains hutan tropika. Pada masa akan datang, manusia sejagat akan banyak mendapat manfaat jika memupuk komuniti-komuniti akar umbi yang kini berkemampuan secara kolektif menghasilkan pemahaman unik dan jangka panjang mengenai hutan-hutan yang paling berharga di dunia